Splnění základní podmínky a přípravu Národní výzkumné a inovační strategie pro inteligentní specializaci ČR 2021-2027 zastřešuje Ministerstvo průmyslu a obchodu ve spolupráci s dalšími klíčovými subjekty zabývajícími se inovacemi na národní i krajské úrovni. Národní úroveň RIS3 má klíčovou zastřešující roli, udává směry pro zacílení intervencí v rámci RIS3 a plní koordinační úlohu vůči institucím realizujícím podporu v této oblasti.
Národní RIS3 strategie je na vrcholové úrovni zaštítěna Vládou ČR, která strategii schvaluje. Zásadní roli v koordinaci celého systému VaVaI v ČR hraje Rada pro výzkum, vývoj a inovace (RVVI), která je poradním orgánem vlády pro tuto oblast. Mezi důležité úkoly RVVI patří příprava a realizace Národní politiky výzkumu, vývoje a inovací (NP VaVaI), která je s Národní RIS3 strategií úzce provázána. Ministerstvo průmyslu a obchodu v rámci své role gestora Národní RIS3 strategie zajišťuje mimo jiné koordinaci Řídicího výboru RIS3 a fungování výkonných složek pro realizaci Národní RIS3 strategie, to znamená Národního RIS3 manažera a RIS3 týmu. MPO je zároveň zodpovědné za zajištění fungování EDP procesu na národní úrovni, který je realizován prostřednictvím Národních inovačních platforem.
